Las enfermedades autoinmunes sistémicas (EAS) poseen dos características esenciales. En su origen, todas comparten un fallo del sistema inmune del organismo que deja de realizar su trabajo adecuadamente (defendernos de las agresiones externas) y pasa a producir daño en nuestros propios tejidos y células (enfermedad autoinmune). La segunda característica es que prácticamente no existe órgano o tejido que no pueda verse afectado por las EAS, siendo habitual que dichas afectaciones sean múltiples y simultáneas (enfermedad sistémica).
Por tanto, sus principales características son el desconocimiento de su etiología, la afección de múltiples órganos (en muchas ocasiones, vitales), la complejidad en la aproximación diagnóstica y, finalmente, el uso de una gran variedad de fármacos para el tratamiento de la enfermedad y de sus complicaciones.